1          11         21         31         41         51         61         71         81         91         101        111        121        131        141        151        161        171        181        191        201        211        221        231        241        251        261        271        281        291        301        311        321        331        341        351       
                         |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |          |      
                                                                                                                                                                                                                                                                                        [<-------R5------->]
'HCV-26240_1a_4215'      --TA---G-T -A----T--- G-A--G--TG -T---C---- G-T--G-C-A -G-CC-T-CC -AGG---A-C -C-C--CCCC --T--CCC-G GG-A-G-A-G CCA-TA-GTG G-TC-T-GCG GAACC---GG TG-A-GT-AC A-C-CGG-AA T-T-GCC-AG GAC-G-A-C- CG-G-G-TCC --TTT--C-- TT--GG---A ---T------ A---A--A-- -C-CC-GCT- -CA-A-T-G- CCT-GG--AG -A--TTT-GG G-C-GTG-CC CCCGCAA-G- A-C-TG-CTA G-CCGAGTA- GT-GTT-GGG -T-CG--C-- GAA---A-GG -C-C--T--T ----G--T-- GG--T---
'HCV-26259_1b_3501'      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26238_1a_2199'      .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26602_1b_650'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... -........A .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26582_1a_408'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26667_1b_346'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26286_1a_313'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26301_1a_277'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26686_1a_251'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... -......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26289_1a_230'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... G......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26453_1a_187'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-27137_1a_150'       .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..TC...... -......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....C..... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26282_1b_120'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26359_1a_or_1b_101' .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... C......... .......... .......... .......... .......... .......... .....R.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
'HCV-26245_2b_489'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....A...G. A.A....... T......... .......... .......... .......... .......... ......A... ..T....... T.C.....TC .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ......AA
'HCV-26349_2b_368'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. A.A....... T......... .......... .......... .......... .......... ......A... ..T....... T.C.....TC .......... .......... .......... .......... ....T..... .C........ ...T...... .....C-... .......... .......... ......AA
'HCV-26652_2b_dup_309'   .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ....A...G. A.A....... T......... .......... .......... .......... .......... ......A... ..T....... T.C.....TC .......... .......... .......... .......... ....T..... .C........ ...T...... .....C-... .......... .......... ......AA
'HCV-26736_2b_285'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. A.A....... T......... .......... .......... .......... .......... ......A... ..T....... T.C.....TC .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ......AA
'HCV-26360_2a_217'       .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..A....... T......... .......... .......... .......... .......... ......A... ..T....... ..C.....CC .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ......AA
                                                                                                                                                                                                                                                                                   
'HCV-07549_3a_747'       .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C...T.G. .GT....... .......... .......... .......... .A.C...... -......... .......... ........A. ..C.A....A .......... .......... .....G.... ..T.CA.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26758_3a_330'       .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C...T.G. .GT....... .......... .......... .......... .G.C...... -......... .......... ........A. ..C.A....A .......... .......... .....G.... ..T.CA.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26604_3a_133'       .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C...T.G. .GT....... .......... .......... .......... .A.C...... -......... .......... ........A. ..C.A....A .......... .......... .....G.... ..T.CA.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26250_3a_131'       .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C...T.G. .GT....... .......... .......... .......... .G........ -......... .......... ........A. ..C.A....A .......... .......... .....G.... ..T.CA.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26364_3a_121'       .......... ......C... .......... .......... .......... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C...T.G. .GT....... .......... .......... .......... .G.C...... -......... .......... ........A. ..C.A....A .......... .......... .....G.... ..T.CA.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
                                                                                                                                                                                                                                                                                 
'HCV-27117_TYPE_4_91'    .......... .......... .......... .....T.... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.....G. ..T....... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... ..C......A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-29148_TYPE_4_24'    .......... .......... .......... .....T.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C.....G. ..T....... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... ..C......A .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
                                                                                                                                                                                                                                                                                 
'HCV-30294_5a_2'         .......... .......... .......... .......... ..A..A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-16609_5a_2'         .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-26754_5a_1'         .......... .......... .......... .......... ..A..A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. ..T....... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .....G.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-06666_5a_1'         .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... .......... .......... .......... T......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
'HCV-06666rev_5a_1'      .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........G. .......... .......... .......... .......... .......... W......... .......... .......... ..C....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........
                                                                                                                                                                                                                                                                 
'HCV-05406_6a_18'        .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... ........CA .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ........
'HCV-29121_noins_6a_3'   .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ........
'HCV-09215_6a_3'         .......... .......... .......... .......... .....A.... .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... ........CA .......... .....C.... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .C........ ...T...... .......... .......... .......... ........
                                                                                                                                                                                                                                                                                            
total: 16224 sequences
'HCV-26240_1a_4215'      --TA---G-T -A----T--- G-A--G--TG -T---C---- G-T--G-C-A -G-CC-T-CC -AGG---A-C -C-C--CCCC --T--CCC-G GG-A-G-A-G CCA-TA-GTG G-TC-T-GCG GAACC---GG TG-A-GT-AC A-C-CGG-AA T-T-GCC-AG GAC-G-A-C- CG-G-G-TCC --TTT--C-- TT--GG---A ---T------ A---A--A-- -C-CC-GCT- -CA-A-T-G- CCT-GG--AG -A--TTT-GG G-C-GTG-CC CCCGCAA-G- A-C-TG-CTA G-CCGAGTA- GT-GTT-GGG -T-CG--C-- GAA---A-GG -C-C--T--T ----G--T-- GG--T---
 Schroter types 1,2,3,4    TA---G-T -A----C--- G-A--G--TG -T---C
      (FRET)                                        G--TG -T---C---- G-T--G-C-A -G-CC-T-CC -AGG        C-C--CCCC --T--CCC-G GG-A-G-A-G CC
 Bullock types 1,2,3,4                                                                                                               G CCA-TA-GTG G-TC-T-GCG GAACC---GG T    GT-AC A-C-CGG-AA T-T-GCC-AG GA
      (FRET)